Najpogostejše indikacije za ERCP so:
- ugotavljanje in odstranjevanje kamnov v žolčevodih,
- ugotavljanje vzrokov za oviran odtok žolča, kadar na to kažejo npr. zlatenica, laboratorijski izvidi ali izvidi drugih diagnostičnih metod (UZ, CT, MRCP, EUZ – endoskopski ultrazvok),
- ugotavljanje vzrokov in posledic pankreatitisa (vnetja trebušne slinavke),
- ocena možnega raka trebušne slinavke ali žolčevodov,
- iskanje vzroka za kronično ali akutno trebušno bolečino, ko sumimo, da bi ta lahko bila posledica bolezni žolčevodov ali trebušne slinavke.