Med preiskavo bomo naredili vse, da se boste počutili udobno, kot je to le mogoče. Pred preiskavo vam bomo v žilo vbrizgali zdravilo, ki vas bo umirilo, včasih pa tudi takšno, da vas bo naredilo zaspane. Vaše žrelo bomo omrtvičili z lokalnim anestetikom. V usta vam bomo dali ustnik, ki bo med preiskavo ščitil vaše zobe. Ležali boste na levem boku in v tem položaju vam bo zdravnik uvedel endoskop. Endoskop ne bo povzročil nobene bolečine tudi težav z dihanjem ne boste imeli.
Sfinkterektomija: Če RTG-slikanje pokaže žolčne kamne ali kakšen drugi vzrok za zaporo, bo zdravnik odprl žolčevod. Ta poseg (sfinkterektomijo) bo opravil s posebno električno rezalno napravo (papilotom), pri čemer ne boste čutili ničesar. Manjši kamni bodo sami izpadli v dvanajstnik, večje pa bomo zdrobili in nato izvlekli s posebno košarico.
Endoproteza (stent): stent je majhna cevka, ki jo potisnemo skozi endoskop in nato skozi zožitev v žolčevodu in s tem zopet omogočimo pretok žolča. Stente vstavljamo tudi v pankreatični vod, če je ta zožen ali zaprt.
Nazobiliarna sonda: včasih je prehodno (za nekaj dni) v žolčevod ali vod trebušne slinavke treba vstaviti posebno cevko, ki jo speljemo skozi nos . Le-ta omogoča iztekanje in ustrezno izpiranje vodov ter tudi RTG-slikanje, s katerim preverimo, ali je žolčevod očiščen. Taka sonda povzroča neprijetnosti le na začetku, ne moti pa uživanja hrane in tekočine.