Pred preiskavo bomo vaše žrelo omrtvili z lokalnim anestetikom. Zaradi zaščite endoskopa pred ugrizom vam bomo v usta dali ustnik. Ležali boste na levem boku; v tem položaju vam bo zdravnik uvedel endoskop. Zaradi boljše preglednosti med preiskavo, skozi kanal endoskopa vpihavamo zrak, tako da boste morda občutili napenjanje. Ves čas lahko normalno dihate, bolečin ne boste imeli, mogoče pa je draženje v žrelu in siljenje na bruhanje. Poseg običajno traja 5–10 minut.
Biopsija: Z drobnimi kleščicami odvzamemo vzorec tkiva za preiskavo ali odstranimo droben polip. Vzorec tkiva nato pogledamo pod mikroskopom (histologija), da natančno ugotovimo naravo bolezenske spremembe. Poseg je neboleč, komplikacij praktično ni.
Polipektomija: pomeni odstranitev polipa. To napravimo tako, da skozi kanal endoskopa uvedemo zanko, vanjo ujamemo polip in ga z električnim tokom v celoti odrežemo. Odstranjen polip izvlečemo za histološko preiskavo. Poseg ni boleč. Opravljamo ga le po predhodnem dogovoru, da lahko en dan ostanete na opazovanju v Centru. Drugi endoskopski posegi so še: ustavitev krvavitve iz razjede ali poškodovanih žil, dilatacije zožitev, odstranitev tujkov.