Pred preiskavo zgornjih prebavil bomo vaše žrelo omrtvičili z lokalnim anestetikom. Zaradi zaščite endoskopa pred ugrizom, vam bomo v usta dali ustnik. Ležali boste na levem boku in v tem položaju vam bo zdravnik uvedel endoskop. Ves čas lahko normalno dihate, bolečin ne boste imeli.
Večina bolnikov doživlja preiskavo kot blago neprijetno, nekateri pa celo zaspijo. Preiskava traja 15–45 minut.
Pri preiskavi danke v večini primerov ne potrebujemo nobenih zdravil. Tudi pri tej preiskavi boste ležali na levem boku, preiskava pa traja od 10 do 30 minut.