Zapleti so pri gastroskopiji izjemno redki. Možna je perforacija – predrtje stene prebavil (z endoskopom ali po polipektomiji), zaradi katere je potrebna operacija. Krvavitev lahko nastopi predvsem po odstranitvi polipa, ponavadi se ustavi spontano; redkeje so potrebni drugi posegi. Ostali zapleti so še redkejši.
