V primeru laktozne intolerance se zaužita laktoza ne razgradi v celoti in ostane v lumnu tankega črevesja. Nase veže precej vode in s črevesno vsebino potuje dalje, do debelega črevesja. Del se je izloči neprebavljene, del pa jo razgradijo bakterije naše normalne črevesne flore. Pri tem nastajajo plini (CO2, vodik in metan) ter kratkoverižne maščobne kisline, ki se deloma izkoristijo za hrano črevesnim celicam. 5–10 % zaužite laktoze se izloči z blatom. Ker nase veže precej vode, je blato lahko tekoče, nekatere nastale maščobne kisline pa dražijo črevesno sluznico, zato pride do driske, lahko pa tudi do neprijetnega pekočega vnetja kože ob zadnjiku.
Aktivnost laktaze pri človeku praviloma upade v nekaj letih po prenehanju dojenja. V okoljih, kjer je laktozna intoleranca pogosta, se prvi simptomi pokažejo že pri 2–7 letih, drugje pa se upad aktivnosti laktaze lahko zavleče do dvajsetega leta starosti.
Nekateri ljudje, kljub moteni razgradnji laktoze, nimajo nobenih težav. Kaže, da je to deloma odvisno od vrste bakterij v debelem črevesju. Različne bakterije namreč proizvajajo različne kisline, ki različno močno dražijo črevesno sluznico. Prav tako različne bakterije tvorijo različne vrste plinov.
Glavni simptomi laktozne intolerance so torej napenjanje, plini, vetrovi, pretakanje, pogostejše odvajanje tekočega blata in bolečine, ki so odvisne od občutljivosti posameznikovega črevesja.
Na jakost simptomov vpliva količina zaužite laktoze.
Izogibanje laktozi je seveda potrebno le takrat, kadar ima človek zaradi tega nadležne težave. Zaužitje laktoze namreč tudi pri tistih, ki je ne prebavljajo, ne povzroča nobene dolgoročne zdravstvene škode niti nevarnih trenutnih posledic.